Vì cá nóc có độc tố nguy hiểm, nên kỹ thuật chế biến cá rất quan trọng, nó quyết định tính an toàn của món ăn. Ở Nhật Bản, có những luật lệ khắt khe dành cho những người phụ trách chế biến cá nóc, những đầu bếp ở Nhật phải trải qua 2-3 năm đào tạo bài bản và phải có giấy phép mới được chế biến cá nóc cho thực khách.

Quy trình chế biến cá nóc chuẩn gồm 6 bước:

• Loại bỏ da. Cắt xung quanh miệng và từ đó kéo da ra
• Rửa sạch chất nhớt bằng nước muối
• Loại bỏ mắt cá
• Dùng dao bén để cắt bỏ, không để ruột, buồng trứng, gan cá bị vỡ
• Cắt thịt sát xương (phi lê)
• Chẻ đầu thành hai hoặc ba miếng và đun sôi lấy nước cho một món hầm.